Tuy vẫn tiếp tục làm việc ở Sài Gòn, ông vẫn thường xuyên và theo dõi các nhóm tu tập Chiếu Minh ở miền Tây Nam Kỳ. Tháng 12 năm 1931, do sức khỏe kém, ông xin nghỉ việc ở Soái phủ Nam Kỳ, về Cần Thơ dưỡng bệnh. Các đệ tử Chiếu Minh dựng cho ông một căn nhà nhỏ cạnh nghĩa trang Chiếu Minh để ông tĩnh dưỡng và tu tập.

Tuy nhiên, sức khỏe ông càng lúc càng yếu. Ngày 30 tháng 3 năm 1932, ông đi thăm núi Tà Lơn lần thứ hai và tỏ ý sẽ thoát xác nơi đây. Các môn đệ đi theo hết sức khẩn khoản, ông mới bằng lòng trở về Cần Thơ. Ngày 18 tháng 4 năm 1932, ông cùng người con gái thứ 5 là bà Ngô Thị Nguyệt và một số môn đệ tháp tùng đi xe về nhà ở tỉnh Tân An. Khi xe qua phà Mỹ Thuận thì ông qua đời vào khoảng 3 giờ chiều.

Khi biết ông đã qua đời, các môn đệ tháp tùng đã đưa di thể của ông trở về Cần Thơ. Theo ý nguyện lúc sinh thời, các môn đệ Chiếu Minh đã liệm di thể ông trong tư thế ngồi thiền, dùng một áo quan hình lục giác (hình khối sáu mặt, tương ứng sáu chữ Nam mô Cao Đài Tiên ông), đường kính 0,8m, cao 1,20m, sau đó dùng xe đẩy ra nghĩa trang Chiếu Minh chỉ cách đó khoảng 200m. Lục giác được đặt trên một nền đã xây sẵn, sau đó xây gạch bao kín chung quanh. Bên ngoài xây thành một cái tháp.

Tín đồ đưa tang từ các nơi đổ về Cần Thơ rất đông, lên tới hàng ngàn người. Tang lễ trở thành sự kiện đăng trên các báo.